No menu você tem a Configuração da Conta pessoal e a Configuração da Empresa. No caso da logo da empresa, você deve alterar nas Configurações da Empresa, na barra superior no canto direito, você tem a opção do menu, com na imagem abaixo.
Basta selecionar a opção Configurações da Empresa e selecionar sua logo.
Veja como é simples:
